Высокие башни церкви Св. Иоанна, стоящей рядом со Старой ратушей, считаются одним из символов Гёттингена. Массивное готическое здание из песчаника возвели в XIV веке на месте старой церкви в романском стиле, стоявшей здесь с XII века. В 1896 году интерьер церкви обновили в неоготическом стиле. В середине XX века в западном нефе установлен большой орган работы Пауля Отта.
Южная башня церкви примечательна главными городскими часами и колоколами, а в северной башне на протяжении более 500 лет жили смотрители. Традиция прервалась в 1921 году. После этого опустевшую комнату стали сдавать студентам. Их освобождали от платы, взамен они должны были открывать башню посетителям. В свое время здесь нашёл приют один из изобретателей радара Артур фон Гиппель. Церковь Св. Иоанна вошла в историю науки, когда в 1833 году математик Карл Фридрих Гаусс и физик Вильгельм Вебер использовали её в знаменитом эксперименте по созданию первой электромагнитной телеграфной линии. В 2005 году северная башня была практически уничтожена в результате поджога, но ее быстро реконструировали. На башню можно подняться с групповой экскурсией, но лишь с мая по сентябрь и только в субботний полдень.