Один из самых старых монастырей Сибири, Богородице-Алексиевский мужской монастырь всего на год моложе Томска. Он был основан уже в 1605 году. Первые строения обители стояли далеко от места основания Томска и казаки не успевали защищать монахов от набегов «киргизов». Так называли здесь всех кочевников. Через 50 лет монастырь перенесли в город, на Юрточную гору. В конце XVII века при монастыре открылись первая школа в Томске и первая больница. Обитель также была местом ссылки высших представителей духовенства и дворян.
Первый каменный храм на территории Богородице-Алексиевского монастыря был освящён в 1779 году и сохранился до наших дней. Белоснежный красавец в стиле «сибирского барокко» виден в Томске издалека. Каменные стены ограды построили в середине XIX века. В 1864 году скончался и был похоронен рядом с оградой святой старец Феодор. Согласно легенде, под именем Феодора Томского здесь покоится император Александр I. Сюда из столицы неоднократно приезжали члены царской семьи. Но окончательно загадка императора Александра I — святого Феодора не решена.Монастырь сильно пострадал в 30-80-е годы ХХ века. Восстанавливали его буквально из руин. Чудом в 1995 году здесь были обретены мощи святого Феодора Томского. Это одна из главных святынь монастыря. Восстановлена и часовня над местом захоронения святого.