Собор во имя Александра Невского возвели на деньги горожан и императора Николая II, пожертвовавшего более 11 тысяч рублей на строительство и создание иконостаса. Он же передал собору несколько икон с Афона.
Возведение собора во имя Александра Невского началось в 1897 году. Одно из первых каменных зданий в Новосибирске внешне напоминает византийские церкви и петербургский храм Ликующей Божьей Матери. Итальянские специалисты отвечали за кладку кирпича, пол решено было выложить голландской плиткой, а стены поручили расписать художникам первой сибирской иконописной мастерской в Томске. В 1938 году собор закрыли. Его планировали взорвать, но в итоге пострадала только звонница. Храм сначала отдали институту, потом воинской части и затем студии кинохроники. В 1989 году собор был возвращён церкви.