Первую Покровскую церковь в Вологде построили ещё в XV веке, но её точное местоположение неизвестно. На месте современной Торговой площади стоял дворец царя Ивана Грозного, который впервые приехал в Вологду в 1545 году. Ко дворцу примыкала церковь в честь Иоакима и Анны. Но после пожара во второй половине XVII века её перестроили и дали новое название – Покрова Пресвятой Богородицы. А тот барочный каменный храм с шатровой колокольней и трапезной, который стоит здесь сейчас, появился во второй половине XVIII века.
С 1926 по 1992 год помещение церкви Покрова на Торгу занимал сначала архив, затем склад. Сейчас это действующая церковь с особо почитаемыми иконами Вологодских святых с мощами святителя Антония Вологодского и благоверного князя Владимирского Глеба. Упоминание Торга в названии церкви отсылает к Торговой площади между проспектом Победы и улицей Сергея Орлова; в царское время она называлась Казанской. На этом месте до 1970-х годов стояли старинные торговые ряды и городской рынок.