Легенда о возникновении Богоявленского Авраамиева монастыря в Ростове связана с апостолом Иоанном Богословом. По преданию, святитель Авраамий Ростовский на рубеже XI-XII веков поселился на берегу озера Неро рядом с языческим храмом, где находился каменный идол. Однажды в этих местах он встретил Иоанна Богослова, и тот дал святителю посох. Этим орудием идол был уничтожен. На месте встречи Авраамий выстроил церковь Иоанна Богослова, а на месте языческого святилища — храм Богоявления. Сюда стали стекаться верующие, которые желали здесь остаться. Так образовалась обитель. Здесь хранился тот самый посох, пока его не забрал царь Иван Грозный, а мощи Авраамия сегодня главная святыня монастыря.
Богоявленский Авраамиев монастырь пользовался особым вниманием царя Ивана Грозного. В летописи монастыря говорится, что царь перед походом на Казань в середине XVI века взял с собой посох Иоанна Богослова. По указу Грозного на территории обители был построен пятиглавый собор Богоявления Господня. В него были перенесены мощи Авраамия и крест от легендарного посоха. В XVII веке в обители появилось ещё два каменных храма. Всё это можно увидеть сейчас на территории комплекса. К концу XIX века монастырь утратил и славу, и большую часть своих обитателей. В 1990-х обитель вернули церкви, и она была возрождена как женская.