Богоявленский кафедральный собор в стиле сибирского барокко возвышается в самом центре Томска, неподалёку от места впадения реки Ушайки в Томь. Первый православный храм был поставлен на этом месте в середине XVII века. После очередного пожара было решено возвести каменный храм. Работы по строительству современного собора начались в 1777 году. Строился храм исключительно на частные пожертвования. Верхний этаж был достроен и освящён на 40 лет позже нижнего — в 1817 году. Именно в храме Богоявления 6 августа 1804 года было объявлено об учреждении Томской губернии, столицей которой и стал город.
В ХХ веке собор сильно пострадал. Новая жизнь его началась в 2003 году. При Богоявленском кафедральном соборе теперь открыт музей, где можно взглянуть на старинные книги, в том числе из библиотеки храма. В конце XIX века она насчитывала 400 томов. Кроме книг экспонируются старинные иконы и церковная утварь. В собор приходят для того, чтобы прикоснуться к частице мощей Св. Пантелеймона и попросить его об исцелении. Каждую среду святыню выносят в храм. В алтаре хранится распятие с частицей Святого Креста.