Крепость Каламита и Инкерманский Свято-Климентовский пещерный монастырь построены в горе на правом берегу реки Чёрная, в самой глубине Севастопольской бухты. Согласно легенде, первую пещерную церковь апостола Андрея вырубил в скале Папа Римский Климент I, сосланный римским императором Траяном в 98 году в инкерманские каменоломни за проповедь христианства. Кстати, любопытно, что инкерманским камнем были облицованы многие строения в Римской империи.
Историки свидетельствуют о том, что до крепости Каламита первыми постройками на вершине горы занимались в VI веке византийцы. В 1427 году Феодорский князь Алексей, заключивший союз с Крымским ханом и конкурировавший с генуэзцами, построил на старом фундаменте новую крепость. В период расцвета Каламита была окружена рвом и стеной с пятью крепостными башнями высотой 10 – 12 метров. В 1475 году крепость пала. Новые хозяева – османы – стали называть её Инкерман. К XVII веку Каламита опустела. Сильный урон крепости нанесла Вторая мировая война – сохранилась лишь одна крепостная башня.
Мужской монастырь с тремя пещерными храмами, в том числе храмом Святого Климента был основан у подножия скалы в VIII – IX веках. Он считается одним из старейших пещерных монастырей в Крыму! Обитель пришла в упадок при турках и вновь возродилась после присоединения Крыма к России как Инкерманский Свято-Климентовский пещерный монастырь. В последующие годы пещерные храмы отреставрировали и добавили к ним наземные церковь Св. Троицы и храм Св. Пантелеймона, разрушенный в советское время. Новый этап в истории монастыря начался в 1991 году, когда сюда начали возвращаться монахи. Сейчас в монастыре хранится частица мощей Св. Климента, утопленного по приказу императора Траяна в Херсонесе.