«Палестинские» названия природных и рукотворных объектов появлялись на карте Ново-Иерусалимского монастыря не сразу. Но в XVIII-XIX веках здесь была представлена практически вся Святая земля. У каждой башни монастырской стены было своё название: Сионская, Дамасская, Гефсиманская. А небольшая роща между рекой Истрой (Иордан) и ручейком (Кедронский поток) получила название Гефсиманского сада. Сейчас это очень красивый парк, где можно посмотреть на часовни, скит патриарха Никона и увидеть кусочек сельской России XIX века в музее деревянного зодчества.
Скит патриарха Никона — уединённое строение на самом берегу Истры — было построено по просьбе патриарха в 1658 году, как только Никон переселился в строящийся монастырь из Москвы. Скит — это небольшой трёхэтажный дом, на втором этаже которого были устроены личные покои патриарха, а на третьем находились церковь Богоявления, приёмная, трапезная и келья Патриарха. В скит Никон удалялся на время постов. На крыше дома была построена ещё и церковь Петра и Павла. Маленький домик рядом с ней — ещё одна келья, в которой невозможно выпрямиться и можно молиться только согнувшись.В музее деревянного зодчества все строения относятся к XIX веку. Тут стоит посмотреть на крестьянскую избу. Её перевезли сюда из села Выхино, где она принадлежала крестьянскому роду Кокориных. В этой избе снимали некоторые сцены популярного в России фильма «Адмирал». Огромная ветряная мельница высотой как пятиэтажный дом привезена из села Кочемлево Кашинского района Тверской области в 1974 году. Кроме осмотра этих строений, на территории музея можно попить чай из старинного русского самовара, посмотреть на работу кузнеца, покататься на лошадях. Для детей устраиваются интерактивные программы и тематические праздники.