Музей истории города Ярославля располагается в здании, которое появилось за столетие до основания самого музея. Этот особняк конца XIX века, обращённый фасадом на Волжскую набережную был домом богатого купца Василия Кузнецова. Он был признан почётным гражданином Ярославля за благотворительную деятельность. А концепция музея истории сегодня звучит так: «Человек в истории Ярославля, город в истории России».
Главная и самая обширная экспозиция музея истории Ярославля – «10 веков истории Ярославля», охватывающая все вехи в жизни города, от его основания князем Ярославом Мудрым до наших дней. История города прослеживается в археологических находках, памятниках письменности, макетах, коллекциях оружия и монет, документах. Среди экспонатов – кандалы, в которые заковывали революционеров начала ХХ века в ярославской тюрьме и оконная решётка. Отдельный раздел посвящён уроженке Ярославля, первой женщине-космонавту Валентине Терешковой. В зале «Знаменитые земляки» представлены фотографии, награды, личные вещи знаменитых ярославцев: оперного певца Леонида Собинова и театрального режиссёра Юрия Любимова. Экспозиция «Из истории ярославской медицины» посвящена методам диагностики болезней и лечения человека, начиная с ХII века и первых целителей – монахов и знахарей, до современности.