История основания Казанского монастыря связана с легендой о чудотворной иконе – копии Казанской иконы Пресвятой Богородицы. Привезенная из Казани в город Тутаев, а потом в Ярославль, святыня, которой приписывались многочисленные чудеса исцеления, была помещена в созданный в честь неё деревянный храм в 1610 году. При нем поселились 72 монахини из разоренной польско-литовскими интервентами Рождественской обители – так было положено начало Казанскому женскому монастырю.
В 1835 году вместо деревянного храма на территории Казанского монастыря выстроили каменный Казанский собор. Монастырь между тем разрастался и к своему 300-летию, в 1910 году, был известен за пределами Ярославля благодаря иконописному и золотошвейному мастерству монахинь. В 1918 году монастырь упразднили, икона пропала. Позже в здании Казанского собора были устроены библиотека, школа и планетарий. Спустя ровно 80 лет после упразднения монастырь был открыт вновь. В нём находятся мощи святителя Агафангела – причисленного к лику святых митрополита Ярославского и Ростовского, и список с утерянной Ярославской Казанской иконы Божией матери.