Вторая московская церковь евангельских христиан-баптистов возникла в 90-е годы на волне социальных преобразований в стране. Первые встречи и богослужения происходили по инициативе Олега Владимировича Жидулова у него на квартире. Помимо семьи Жидуловых в числе первых членов новой церкви были Галина и Владимир Обровец, Бронислав и Вера Полетаевы, Александр и Татьяна Вапровы, Алла и Александр Гусляковы, Владимир и Люба Васьковские, Галина Максаева, Ира Аполенис, Вера Левкина, Лариса Жорина, старица Мария Васильевна Маркина, и другие.
В 1992 году церковь совместно с миссией «Каждый дом для Христа» приобрела здание бывшего детского сада, в котором в течение последующих лет и проходили богослужения. В 1995 году началось строительство пристройки, которая включала в себя новый зал для богослужений, здание воскресной школы и другие помещения. В 1998 году состоялось торжественное освящение нового здания церкви. С самого начала образования церкви ее пресвитером был избран О.В. Жидулов. В 1997 церковь избрала еще одного пресвитера — В.В. Обровца. Его супруга Галина cтала первым директором воскресной школы. С 2003 по 2005 год служение первого пресвитера исполнял П.Б. Коновальчик. С 2006 года служение первого пресвитера возложено на Г.А. Сергиенко. Вторая московская церковь, ясно обозначая свою принадлежность к наследию евангельских христиан-баптистов, идет путем поиска новых форм и методов служения. Так, например, в области музыкального служения классическое хоровое пение чередуется с более современными песнопениями группы прославления. Церковь