В XIII веке князь Василий Ярославич обнаружил на берегу реки Запрудни икону Феодоровской Божией матери и приказал возвести на этом месте монастырь. А уже в XVII веке здесь построили Спасо-Запрудненскую церковь, сохранившуюся до наших дней.
В 1760-м году на территорию Спасо-Запрудненскоого монастыря перевели Костромскую духовную семинарию. Здесь появились аудитории, библиотека и жилые корпуса. После революции 1917 года все традиционные церковные праздники в обители были отменены. Но главный храм не закрывался никогда. Полноценная церковная жизнь возобновилась тут только в 1991 году. Особый интерес вызывает у паломников изображение Нерукотворного Образа Спасителя, хранящееся в храме и датируемое XIII веком.