В монастыре Знамения Пресвятой Богородицы заканчивали жизнь сосланные сюда именитые девушки, неугодные власти. Это были, в основном, жёны и дочери опальных политиков XVIII века. Обитель, сформировавшаяся в конце XVII века, стремительно развивалась. Началось всё с деревянной церкви. После чего в течение двух столетий появились каменное здание церкви, ещё один храм, здание для келий. К началу XХ века при монастыре работали школа, приют и больница. Послушницы обители, среди которых были представительницы влиятельных семей, были известны своим рукоделием.
В 1920-м году под стенами женского монастыря Знамения Пресвятой Богородицы монастыря, на берегу реки Ушаковки, был казнён адмирал Колчак, руководитель Белого движения во время Гражданской войны в России. В 2004 году у входа в монастырь появился первый в России памятник Колчаку. Почти сразу после расстрела адмирала монастырь расформировали. От него сохранилась только Знаменская церковь, да и в той вскоре разместили авиаремонтные мастерские. В 1928-1953 годах на территории всего монастырского комплекса была размещена гидросамолетная база. В результате этого были утрачены могилы многих уважаемых жителей Иркутска и декабристов, похороненных здесь. К нашему времени из всех построек сохранились только Знаменская церковь, кельи, ограда и ворота. В церкви хранятся мощи двух святых: Иннокентия и Софрония.