Главная базилика Гейдельберга впервые упоминается в летописях 1239 года. В 1398 на её месте построили сохранившуюся до наших дней основную часть здания в стиле поздней готики. Церковь и сейчас доминирует над историческим центром. Церковь Святого Духа в Гейдельберге была построена как усыпальница курфюрстов Пфальца, которые правили Гейдельбергом. Алтарь был создан в 1410 году, а строительство нефа затянулось до 1441 года. Главная достопримечательность церкви — сохранившееся до наших дней надгробие Рупрехта III. Большая часть мемориальных плит в конце XVII века была разбита.
В середине XV века курфюрст Людвиг III основал в храме библиотеку. Bibliotheca Palatina считалась одной из лучших в Европе. По окончании Тридцатилетней войны (1618–1648) граф Тилли по приказу баварского курфюрста Максимилиана вывез из церкви легендарную библиотеку. Из 5 тысяч книг и 3524 манускриптов лишь 885 были возвращены Ватиканом в Гейдельберг в 1816 году. Но теперь они хранятся в Гейдельбергском университете. В 1706 году католики и протестанты разделили между собой церковь Святого Духа и даже отделились друг от друга перегородкой, которая простояла 230 лет. Сейчас церковь полностью принадлежит протестантам. На башню храма, возведённую в 1508 году, можно подняться. С неё открывается очень красивая панорама средневекового города.