В связи с расширением коллекции Старого музея ему понадобились новые помещения. Вопрос решили строительством нового здания, которое в 1859 году уже приняло первых посетителей.
Здание сильно пострадало во время Второй мировой войны и долгое время лежало в руинах. Восстановление началось лишь в 80-е годы. Обновленный музей открылся в 2009 году. В его залах хранятся экспонаты Египетского музея и собрание папирусов. Статуи, рельефы, цветные статуэтки, каменные саркофаги, папирусы рассказывают об истории Древнего Египта с 3000 г. до н.э. до римской эпохи. Жемчужиной коллекции считается бюст Нефертити. В этом же здании находится музей доисторического периода и ранней истории с крупнейшей в мире коллекцией доисторической археологии Старого света от палеолита до Средневековья. Троянское золото, обнаруженное Генрихом Шлиманом, и череп неандертальца из Ле Мустье можно увидеть именно здесь.