Церковь святого Михаила, возведённую в начале XVI века, знает вся Германия. С 1524 по 1529 с её амвона проповедовал свои идеи Мартин Лютер. Так что эта кирха - одна из святынь лютеранства. Сотни горожан приходили сюда, чтобы послушать проповеди пылкого реформатора. Сейчас в память о Мартине Лютере в главном зале церкви установлена бронзовая надгробная плита. Но это не могила Лютера, прах которого покоится в Виттенберге. Это памятный знак, изготовленный великим художником Лукасом Кранахом-старшим, который принял учение Лютера всей душой.
В церкви есть башня с обзорной площадкой, на которую можно забраться. С высоты 80 метров отлично видно исторический центр Йены. Любопытен и подземный ход. Его прорыли в XVI веке, чтобы соединить церковь святого Михаила с бывшим монастырем цистерцианцев.