Университет - главная гордость Йены, ядро, вокруг которого происходило формирование современного города. Он был основан в 1558 году курфюрстом Иоганном-Фридрихом Великодушным. На Рыночной площади Йены ему установлен памятник. Сейчас главное учебное заведение Йены носит имя великого поэта Фридриха Шиллера, потому что поэт преподавал здесь историю и философию.
Шиллер далеко не единственный из знаменитых людей, которые здесь работали или учились. Аудитории помнят физиков Отто фон Герике и Готтфрида Лейбница, философов Артура Шоппенгауэра, Георга Гегеля, Эрвина Шредингера и Иоганна Фихте. Учился в Йене и Карл Маркс, защищавший здесь диссертацию. Сейчас Йенский Университет - современный образовательный комплекс. Здесь обучаются более 20 тысяч студентов, преподаванием в Йенском Университете заняты 340 профессоров, работающих в самых разных областях. Помимо собственно исторических зданий, Университет занимает и часть корпусов бывшего оптического гиганта Карл Цейсс.